2002-13 yılları arası VfB Stuttgart altyapısında forma giydi.
İlk profesyonel maçına yine aynı takımda 1 Ağustos 2013 tarihinde çıkan futbolcu, aynı sene VfB Stuttgart ile Haziran 2018'e kadar profesyonel sözleşme imzaladı da, 2016 senesinde RB Leipzig takımına transfer oldu.
RB Leipzig'e transfer oluncaya kadar VfB Stuttgart'ta 95 maça çıkan genç futbolcu, 13 gol atabildi.
Milli takım kariyerine 2010 senesinde Almanya U-15 takımında başlayan Werner, 2017'nin başlarında As kadroya geçti.