Dumanlı, lise eğitimine Yozgat'ta başladı ve daha sonra Ankara'da tamamladı. 16 yaşındayken, 12 Eylül darbesinin hemen ardından "ülkücü eylemcileri eğitmek" suçlamasıyla tutuklandı. Bir yıl boyunca cezaevinde kaldıktan sonra yargılandı ve beraat etti. Cezaevinden çıktıktan sonra Yozgat'ta kalırsa tekrar tutuklanabileceği endişesiyle Ankara'ya taşındı ve lise eğitimini burada bitirdi. 2006'da Ayşe Arman'a verdiği röportajda, 12 Eylül döneminde herhangi bir silahlı eyleme katılmadığını, yalnızca arkadaşlarına kitaplarından bahsettiğini ve gözaltında işkence gördüğünü belirtti.
1987'de İstanbul Üniversitesi Türk Dili ve Edebiyatı bölümünden mezun oldu. Bir süre edebiyat öğretmenliği yaptıktan sonra, 1993 yılında Zaman gazetesinde kültür sanat muhabiri olarak çalışmaya başladı. Sonrasında kültür sanat servisi editörlüğü ve genel yayın koordinatörlüğü görevlerini yürüttü. 1997 yılında medya üzerine araştırmalar yapmak için ABD'ye gitti.
Boston'da Emerson College'da yüksek lisansını tamamladıktan sonra, 2001 yılında Türkiye'ye dönerek Zaman gazetesinin genel yayın yönetmeni oldu. Dumanlı'nın çeşitli yayınlanmış eserleri bulunmakta olup, "Son Duruşma" adlı tiyatro eseri İstanbul Dünya Sahnesi oyuncuları tarafından sahnelenmiştir.
Bir dönem Medya Derneği başkan yardımcılığı ve WAN (World Association of Newspapers) üyeliği yaptı. Fatih Üniversitesinde ders verdiği dönemde, "14 Aralık Tahşiyeciler Operasyonu" kapsamında gözaltına alındı ancak adli kontrol şartıyla serbest bırakıldı.
Ekim 2015'te sağlık sorunlarını gerekçe göstererek Zaman gazetesindeki görevinden istifa ettiğini duyurdu. Ekrem Dumanlı, evli ve dört çocuk babasıdır.
