Tasarruf mevduatını sigorta etmek üzere 1983 yılında T.C. Merkez Bankası bünyesinde kurulan kurum, 1999 yılında Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurumu'nun (BDDK) kurulması ile de temsil ve idare bakımından BDDK altında yeniden yapılandırılmıştır. 1994 yılında yaşanan ekonomik kriz ile birlikte başlayan 10 yıllık süreçte TMSF'ye toplam 25 banka devredildi.
26 Aralık 2003 tarihli Resmi Gazete'de yayımlanan 5020 sayılı Kanun ile 4389 sayılı Bankalar Kanunu'nda değişiklik yapılarak TMSF'nin karar organının Fon Kurulu olduğu ve TMSF'nin genel yönetim ve temsili ile Fon Kurulu tarafından alınan kararların yürütülmesinin Fon Kurulu Başkanına ait olduğu hükme bağlandı ve TMSF özerk bir statüye kavuştu.