2001'de Türkiye 2. Futbol Ligi'nin 2 kategoriye ayrılmasıyla oluşan ve Türkiye 2. Futbol Ligi B Kategorisi adıyla kurulan TFF 2. Lig; 2006 yılında Lig B, 2007 yılında Türkiye Futbol Federasyonu 2. Lig ve 2010 yılındaki sponsorluk anlaşması ile Spor Toto 2. Lig adını aldı. 2017-2018 sezonu öncesinde bu sponsorluk anlaşması sona erdi.
İlk sezon olan 2001-2002 sezonunda yükselme grubu statüsünde oynanmıştır. Ertesi yıl A-B-C şeklinde 3'lü grup sistemine geçilmiş 3 sezon böyle oynanmıştır. 2005-2010 yılları arasında tekrar Klasman-Yükselme gruplu sisteme geçilmiş. Son olarak 2010 yılında takım sayısı azaltılmış Kırmızı ve Beyaz şeklinde 2'li grup sistemine geçilmiştir.