1970 yılında Konya'nın Çumra ilçesinde dünyaya gelen Çiftçi, lise öğrenimini Konya İmam Hatip Lisesi'nde tamamladı. 1995 yılında Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'ni bitirdi. 2007 Yılında Selçuk Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Kamu Yönetimi ve Siyaset Bilimi Bölümü'nde Yüksek Lisans çalışmasını tamamladı, 2011 yılında da Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'ni bitirdi. 2018 yılında kayıt olduğu Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nde lisans eğitimini sürdürmektedir.
1998 yılında 8 ay süreyle İngiltere'ye gitti. 1999 yılında Millî Güvenlik Akademisi'nden mezun oldu. Gülağaç (Aksaray), Tekman (Erzurum), Derinkuyu (Erzurum), Adilcevaz (Bitlis) ve Kaman (Kırşehir) ilçelerinde Kaymakamlık, İçişleri Bakanlığı Personel Genel Müdürlüğünde Daire Başkanlığı yaptı. TBMM'de Özel Kalem Müdürlüğü ve Başkan Başmüşavirliği görevlerinde bulundu. 6 Kasım 2018 - 9 Ağustos 2023 tarihleri arasında Çorum Valisi olarak görev yaptı. Son olarak Erzurum Valisi olarak görev yapmaktaydı.
Evli olup 3 çocuk babasıdır. İngilizce ve Arapça bilmektedir.
"HAFIZ KAL YARIŞMASI"NDA TÜRKİYE BİRİNCİSİ OLDU
Yeni İçişleri Bakanı Mustafa Çiftçi 2024 yılında Diyanet İşleri Başkanlığınca düzenlenen "Hafız Kal Yarışması"nın Türkiye finalinde 15 cüz kategorisinde birinci oldu.